Fåglar
Södra Stadsfjärdens fågelbestånd kan observeras från den gamla avstjälpningsplatsen i Sunnanvik samt från fågeltornet på Rövarskär respektive vid Toby å. Under vår- och höstflyttningen samlas bland annat sjöfåglar och vadare för att rasta och söka föda vid Södra Stadsfjärden. På området kan ses doppingar, skedänder, grågäss, tranor och grönbenor.
På sommaren är det häckande fågelbeståndet artrikt i Södra Stadsfjärdens vassruggar och strandskogar. I vassen häckar bland annat sävsparv och sävsångare. Fåtaligare häckande arter är gräshoppsångare och skäggmes. I strandskogarna lever bland annat järpe, sparvuggla, grönsångare, gärdsmyg, koltrast, näktergal och mindre hackspett. Hotade arter som påträffats på området är exempelvis svarthakedopping (Podiceps auritus), vigg (Aythya fuligula) och silltrut (Larus fuscus).